1、遗传因素

这是儿童自闭症的主要原因之一。有研究表明，20%的自闭症儿童有家族史，在他们的家庭中可以发现类似的智力低下和语言障碍病例，大约10%的自闭症儿童有染色体脆弱症。

2、脑损伤

如果孩子的母体在胚胎期受到刺激或创伤，是会对孩子的脑神经造成一定损伤的，损伤脑组织。这些都是导致孩子患上神经综合症的原因，对孩子以后的发展非常不利。

3、免疫系统异常

发现T淋巴细胞数量减少，辅助T细胞和B细胞数量减少，抑制-诱导T细胞缺乏和自然杀伤细胞活性降低。

4、环境因素

过去，有人认为，早期生活环境中的冷漠和过于理性的育儿方式、缺乏丰富适当的刺激、未能教导社会行为是该病发病的重要因素。长期处于单调环境的孩子，会用重复的动作来刺激自己，对外界环境没有兴趣。现在，这个观点被否定了。研究证实，这是由于某种类型的脑部疾病。原因是病毒或代谢紊乱。目前还没有结论。

5、感染和免疫因素

自闭症儿童也可能由感染和免疫因素引起。孩子体内某些疾病的感染会导致自闭症的出现。自身免疫功能低下的儿童更容易患自闭症。女性在怀孕期间应避免感染。病毒感染会通过胎盘传到腹部的胎儿，从而增加孩子患自闭症的几率。